Sterowanie robotem Meca500 może odbywać przez przeglądarkę internetową uruchomioną na komputerze, używając do tego myszy komputerowej lub touchpad. Od wersji 8 oprogramowania sprzętowego można również używać 6-osiowej myszy SpaceMouse firmy 3DConnexion lub opracowanego przez Mecademic 3-osiowego joysticka USB z dwoma przyciskami. Użytkownicy CAD, którzy są już przyzwyczajeni do myszy SpaceMouse, uznają ją za intuicyjną do poruszania robotem. Jednak projektanci stanowisk zrobotyzowanych wskazane jest aby korzystali z oferowanego joysticka klasy przemysłowej, który jest sztywniejszy i bardziej precyzyjny. Wymagana dodatkowa siła do manipulacji joystickiem, zapobiega jednocześnie przypadkowym ruchom, a dla większej dokładności zastosowano w nim czujniki wykorzystujące efekt Halla. Dzięki zastosowaniu joysticka można z łatwością poruszać robotem z niewielkimi prędkościami wzdłuż lub wokół jednej osi.
Joystick ma solidną aluminiową podstawę na gumowych podkładkach, co zapewnia większą stabilność i jest wyposażony w kabel USB.